"这是189年以前的事了。水蛇座贝塔星——一颗超新星的爆炸放出了大量的贝塔放射线，甚至连远离了20光年的地球也遭受了巨大的伤害。被气体所包裹的绿色宇宙，那就是我所知道的宇宙的颜色。但是，我很想看看，以前的人从地球所看到的过去的宇宙的颜色。所以我要去Stellvia。现在是西历2356年！"

由一段主角简短的解说，正文开始了！正如主角自己说的那样，她踏上的宇宙学院stellvia的学习路程。和一般的动漫一样，虽然主角的编程能力超优秀，但是实际操纵能力差到吓死人……让她的实习课老师受够了苦头。但是在剧情发展中……志跳跳不断成长，很快遍超越了所有人。

在受到水蛇座贝塔星的第一次冲击后，地球上的人们协同合作，开始重建自己的家园。可是，人们发现，水蛇座贝塔星还有第二波冲击，将在第一波冲击后190年波及到地球，于是，人们开始在宇宙设立基地，为观测第二波贝塔射线和防止它再次冲击地球。GreatMassion（伟大任务）产成了。宇宙中6个基地同时开放能量立场（有点像GP－03的光线防御），防御冲击，志跳跳作为实习也参加了这次GreatMassion。终于，第二次冲击过去了。可是令人意想不到的事情又来了，隐藏在第二波冲击后的竟然是一条横穿宇宙的黑洞带，直逼地球！